El Museo Histórico Naval de la Ciudad de México fue inaugurado el 23 de noviembre de 1992 y se encuentra actualmente en la sede de la Secretaría de Marina, en Eje 2 Otte. Tramo Heroica Escuela Naval Militar 861 Delegación Coyoacán.
Mientras que los orígenes del Museo del Puerto de Veracruz son mucho más recientes. Fue inaugurado el 1 de julio de 1997 por el Presidente de la República Dr. Ernesto Zedillo Ponce de León en el marco del Centenario de la Heroica Escuela Naval Militar.
A partir de la promulgación de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos de 1917, los Decretos del 14 de abril y 31 de diciembre del mismo año, así como los del 6 de abril de 1934 y 31 de diciembre de 1935 ratifican la existencia de la Secretaría de Guerra y Marina.

El edificio del Museo Histórico Naval de Veracruz esta repleto de historia viva pues ocupó durante casi 55 años la antigua Heroica Escuela Naval Militar y sus muros son testigos silenciosos de la invasión de 1914. Además y como atractivo, en el patio central del edificio se encuentra un monumento arqueológico: restos de la muralla que a mediados del siglo XVIII circundaba el Puerto de Veracruz y que está construido con piedra múcara y de cantera. Se encuentra ubicado en las calles de Mariano Arista, Esteban Morales y Landero y Coss, en la histórica y cuatro veces heroica Ciudad y Puerto de Veracruz.
Como parte del desarrollo de la marina , ambos museos dedican una sección importante a las Escuelas Navales de México en donde se presentan los antecedentes de las escuelas que existieron para la formación de marinos mexicanos.
Los Museos Históricos Navales de la Armada de México son necesariamente multidisciplinarios. Ello es así, porque en la tarea de informar el pasado y presente de México con relación al mar y la marina, se debe mostrar las múltiples facetas de dos realidades históricas: la historia de la navegación mundial y el desarrollo de la marina en particular.
En ambos museos, en lo concerniente a la historia de la navegación se parte de la era paleolítica hasta llegar al siglo XIX aproximadamente. En este devenir histórico se resalta la importancia del tronco, las velas y los remos así como los avances tecnológicos en la construcción de barcos.

Por lo que toca al desarrollo de la marina se parte del México prehispánico, pasando por conquista, colonia, independencia hasta la segunda guerra mundial. Se incluye en este recorrido histórico la narración de las rutas mayas de navegación, los viajes de exploración y conquista, los tres siglos de dominación española, las intervenciones extranjeras que sufrió nuestro país: las francesas (1838) ( 1862-1867) y las norteamericanas (1846-48) (1914).
Asimismo, la participación de los marinos constitucionalistas en la revolución y el primer combate aeronaval en Topolobampo, la significación del artículo 32 en la constitución de 1917 hasta llegar a la participación de la Armada en la Segunda Guerra Mundial.
Igualmente en los Museos se aprecia una sala dedicada a la exhibición de Armas y Torpedos Navales. En ella se muestran mosquetones calibre 7 y 7.62 mm que fueron utilizados por los cadetes de la Heroica Escuela Naval Militar de 1931 a 1954 y de 1954 a 1982.
Tanto en la Ciudad de México como en la de Veracruz, se puede apreciar en sus museos navales fotografías, placas, documentación y maquetas, buques a escala, armas, equipo naval y otras piezas que muestran los acontecimientos de nuestra historia naval en 26 secciones en el Museo de la Ciudad de México y en 11 salas en el Museo Histórico Naval de Veracruz .
La historia de la navegación los modelos a escala del Galeón inglés Ark Royal, del Galeón español San Antonio, del Navío inglés Victory y del Clipper Cutty Sark. Destaca el Victory que fue botado en 1765 y en él, en 1805 el Almirante inglés Horacio Nelson, combatió y ganó la batalla de Trafalgar. Digno es de mencionar que en esa batalla hubo dos marinos mexicanos, Don Antonio de Medina que más tarde fuera el Primer Ministro de Guerra y Marina, así como Pedro Sainz de Baranda, que lucharon a bordo de la Santísima Trinidad y del Santa Ana, respectivamente.
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